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Plate-forme de gestion de cohortes complexes

Membres

  • Personnes impliquées dans l’équipe CSTB
    • Pierre Collet, Olivier Poch, Julie Thompson, Pierre Parrend, Anne Jeannin
  • Equipes impliquées dans HOPE :
    • Équipe de Hélène Dolfus, projet COBBALT
  • Équipe de Jean-Louis Mandel, projet GENIDA
    • Florent Colin, Timothée Mazzucotelli
  • Équipe MIV
    • Érik-André Sauleau

Présentation

HOPE est une plate-forme de gestion de cohortes complexes qui permet l’intégration, l’analyse et l’exploitation des données de cohortes médicales à haut niveau de complexité. HOPE s’adresse aussi bien aux cohortes massives (cohorte Jiva, composée de 500 000 patients indiens suivis par des méthodes thérapeutiques traditionnelles) qu’aux petites cohortes (certaines cohortes de Genida comprennent deux patients atteints de mutations de novo, c’est-à-dire d’altérations génétiques dont ni le père ni la mère ne sont porteurs, très complexes, comme les triplications de gènes, c’est-à-dire la copie erronée d’un gène non pas en deux mais trois exemplaires).

Les enjeux scientifiques de HOPE sont doubles :

  • L’accompagnement de cohortes médicales, de manière à supporter l’intégration, l’analyse et l’exploitation de leurs données par les biologistes et médecins
  • Le développement d’outils logiciels permettant le stockage, la sauvegarde, l’analyse et l’exploitation de ces données en prenant en compte les contraintes légales, en particulier liées aux réglementations Informatique et Liberté, et les contraintes techniques, liées à la sauvegarde et la sécurisation des données. Ces contraintes sont fortement variables selon le pays où l’outil est déployé : certains pays fortement réglementés, comme la France, exigent un suivi éthique et légal très rigoureux ; d’autres pays, émergents, comme le Sénégal, ou l’Inde, ne disposent pas en tous lieux d’une infrastructure techniques robuste, les solutions proposées doivent donc y palier.

Cohortes

Les cohortes suivies dans le cadre de HOPE sont :

Outils

Le développement des outils de la plate-forme HOPE sera réalisé selon 3 axes :

Ressources

Projets

Les projets actuellement en cours dans le cadre de HOPE sont :

  • Développement d’un système intégré pour la gestion de cohortes et l’exploitation efficace des données liées aux patients, en utilisant un environnement 4P, demande de financement en cours (contact : Julie Thompson).
  • Développement d’un modèle de contrôle d‘accès spécifique aux applications médicales utilisant des données génétiques : c’est le modèle GIbAC, Genetic Information based Access Control, dans le cadre de l’outil Genida. Stage de Mihnea Gheorghiu, janvier-avril 2017 (contact : Pierre Parrend)
  • Structuration de données brutes en données de cohortes médicales exploitables scientifiquement, dans le cadre de l’outil RADAR, Master de Alexandre Bruyant, 2016-2018 (Contact : Anne Jeannin)
  • Optim’R BICS, Projet Appel à projet interne du laboratoire ICube (Contact : Erik-André Sauleau)

Aide

Help